Prema Statutu Fonda, Upravni odbor ima sedam članova (predsednik i šest članova), koji se imenuju na period od četiri godine. Upravni odbor donosi Statut, Pravila poslovanja i druga opšta akta, Program rada, Finansijski plan i Plan javnih nabavki. Nadzorni odbor ima predsednika i dva člana, takođe na period od četiri godine.
Komisija za dodelu garancija je stručno telo od sedam članova koje razmatra zahteve za dodelu garancija po objavljenim konkursima i predlaže Upravnom odboru odluke o dodeli garancija.
