Према Статуту Фонда, Управни одбор има седам чланова (председник и шест чланова), који се именују на период од четири године. Управни одбор доноси Статут, Правила пословања и друга општа акта, Програм рада, Финансијски план и План јавних набавки. Надзорни одбор има председника и два члана, такође на период од четири године.
Комисија за доделу гаранција је стручно тело од седам чланова које разматра захтеве за доделу гаранција по објављеним конкурсима и предлаже Управном одбору одлуке о додели гаранција.

